Temps partiel thérapeutique : un double objectif, la préservation de l’emploi et la poursuite de l’activité

Lorsqu’un salarié rencontre des difficultés de santé, le temps partiel thérapeutique (TPT) offre une solution pour maintenir le lien avec l’entreprise et favoriser une reprise progressive. Mais comment le salarié peut-il bénéficier de ce dispositif, et quelles démarches doivent être respectées par l’employeur ? Quels sont les impacts sur la paie, les indemnités journalières et les droits du salarié ? Et enfin, quelles bonnes pratiques RH permettent de sécuriser la reprise tout en préservant l’emploi et la continuité de l’activité ? Nos experts spécialisés vous répondent.

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique et quels sont ses objectifs ?

Le TPT, défini par l’article L. 323‑3 du code de la Sécurité sociale,  consiste à faciliter le retour progressif à l’emploi d’un salarié après un arrêt de travail, grâce à une reprise à temps partiel compatible avec son état de santé (sur prescription du médecin traitant).

Il présente des bénéfices concrets pour le salarié comme pour l’employeur :

Quelles sont les conditions d’accès et les modalités de mise en œuvre du TPT ?

L’accès au temps partiel thérapeutique est subordonné à une double appréciation médicale.

Le médecin traitant prescrit le TPT par certificat médical, lorsqu’il estime qu’une reprise ou un maintien de l’activité à temps réduit est de nature à favoriser la guérison ou la consolidation de l’état de santé. Cette prescription peut intervenir pendant un arrêt de travail, à son issue, ou même sans arrêt préalable depuis la réforme de 2019.

Après avoir organisé une visite de reprise avec le médecin du travail, son employeur devra adresser à l’Assurance maladie une attestation indiquant son accord de principe sur la reprise, la nature de l’emploi à temps partiel et la rémunération correspondante. Cette attestation est transmise par le patient à son organisme d’assurance maladie qui donne son accord, après contrôle du médecin-conseil.

Est-ce que l’employeur peut s’opposer à la mise en œuvre d’un mi-temps thérapeutique ?

L’employeur doit donner son accord à la mise en œuvre du mi-temps thérapeutique.

L’entreprise qui refuse un temps partiel thérapeutique doit justifier d’un motif d’organisation de service par rapport au nombre d’heures travaillées. Dans ce cas, le salarié peut demander une prolongation de son arrêt maladie si celui-ci est justifié médicalement.

Dans quels cas la médecine du travail intervient-elle ?

Lorsque le TPT est prescrit sans arrêt de travail ou après un arrêt n’imposant pas de visite de reprise, l’intervention du médecin du travail n’est pas obligatoire. L’employeur peut toutefois solliciter une visite de pré-reprise ou une visite occasionnelle afin de sécuriser l’aménagement du poste et du temps de travail.

À l’inverse, à l’issue de certains arrêts de travail (maladie supérieure à 60 jours, accident du travail supérieur à 30 jours, maladie professionnelle ou congé maternité), la reprise est subordonnée à l’avis du médecin du travail. Ce dernier se prononce alors via une attestation de suivi (avec éventuellement des préconisations d’aménagement), un avis d’aptitude avec réserves ou un avis d’inaptitude.

Dans tous les cas, le recours au médecin du travail pour valider l’aménagement de poste est préconisé.

Le cas échéant, les modalités de mise en œuvre de la reprise sont à discuter entre le médecin traitant, le patient, le médecin du travail et l’employeur. Le temps partiel mis en place n’est pas obligatoirement un mi-temps : le pourcentage d’activité est fixé par le médecin traitant ou le médecin du travail en accord avec l’employeur et peut être progressif jusqu’à la reprise.

Quel est le régime juridique du contrat de travail en temps partiel thérapeutique ?

Le mi-temps thérapeutique, ou temps partiel thérapeutique combine deux régimes :

• Sécurité sociale : le salarié est considéré en arrêt partiel et perçoit des IJSS pour compenser la réduction d’activité.
• Droit du travail : le contrat de travail est actif, le salarié reprend son poste à temps partiel et l’employeur doit le rémunérer pour les heures travaillées.

Cette situation particulière explique pourquoi la mise en œuvre pratique du TPT soulève souvent des questions de paie et de gestion RH (rémunération, maintien de salaire, congés payés).

Quels sont les impacts du temps partiel thérapeutique sur la paie et la gestion des rémunérations ?

La pratique paie la plus courante, et conforme aux contraintes DSN, consiste à maintenir le salaire brut contractuel et à déduire l’absence correspondant au temps non travaillé (temps partiel thérapeutique).  Cela permet :

• de conserver la base de calcul habituelle (cotisations, droits sociaux, réductions Fillon, etc.) ;
• de déclarer la perte de salaire réelle en DSN via le bloc S21.G00.66, ce qui est indispensable pour le calcul des IJSS par la CPAM ;
• d’éviter les impacts sur les droits du salarié (ancienneté, congés, etc.), car le contrat reste à temps plein.

Le salarié cumule ainsi le salaire brut réduit + les indemnités journalières calculées selon les règles de droit commun de l’Assurance maladie.

Les jours travaillés en TPT ouvrent droit à acquisition de congés payés selon les règles habituelles. Pour le calcul de l’indemnité de congés payés, il convient d’appliquer les règles classiques (comparaison maintien de salaire/10 %), en tenant compte de la rémunération réduite en TPT.

Les primes (ancienneté, 13ème mois, primes variables) doivent être traitées selon leurs modalités propres :  proratisation sur la nouvelle base de travail si elles sont liées au temps de travail, ou maintien intégral si elles ne dépendent pas de la durée de travail (selon texte conventionnel).

Quelles bonnes pratiques adopter pour la gestion du TPT en paie et RH ?

Plusieurs mesures permettent une mise en œuvre efficace du TPT dans l’entreprise :

• Sécuriser le flux d’information et la décision en mettant en place une procédure écrite interne TPT prévoyant les destinataires des certificats médicaux (service RH, paie), le modèle d’attestation employeur pour la CPAM (emploi, durée, rémunération) et la coordination avec le médecin du travail (prise de rendez‑vous, transmission de l’avis).
• Exiger systématiquement la prescription du médecin traitant, l’avis ou l’attestation de la médecine du travail lorsque la visite de reprise est obligatoire ou préférable.
• Rédiger un avenant précisant la quotité, les horaires et les missions ; respecter les préconisations médicales ou justifier toute adaptation.
• Paramétrer correctement la transmission des pertes de salaire à la CPAM ; contrôler les calculs pour congés, primes, participation.
• Anticiper les situations à risque en organisant des points réguliers avec le salarié, le manager et la médecine du travail ; informer les managers sur le statut du salarié (attention à la confidentialité des données de santé).

À retenir

Le temps partiel thérapeutique est un dispositif à la fois souple et encadré, situé au croisement du droit de la Sécurité sociale et du droit du travail.

Pour les RH, dirigeants et gestionnaires de paie, les enjeux sont triples :

• Respecter le cadre légal et les décisions médicales (médecin traitant, CPAM, médecin du travail, avenant à contrat de travail).
• Sécuriser la paie (calcul du salaire, gestion des IJSS, congés payés, primes, droits connexes), tout en maîtrisant l’impact financier.
• Prévenir les risques de contentieux (discrimination, licenciement, non‑respect des préconisations médicales) en documentant chaque étape.

Une gestion anticipée et structurée du TPT ne se limite pas au respect des obligations légales. Elle contribue également à améliorer la qualité de vie au travail, à fidéliser les salariés confrontés à des problèmes de santé et à garantir la continuité de l’activité de l’entreprise.

Nos équipes restent à votre disposition pour sécuriser vos process RH et paie et optimiser la gestion opérationnelle et juridique du TPT.

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