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AccueilActualitésLes attentions à porter dans le traitement des Indemnités journalières maladie

Expertise RH & Sociale

Les attentions à porter dans le traitement des Indemnités journalières maladie

Le traitement des indemnités journalières versées pendant l’arrêt maladie des salariés peut donner lieu à des oublis ou des erreurs, notamment dans :

  • le calcul du délai de carence
  • le décompte maximal des jours indemnisés
  • le calcul du salaire rétabli par l’employeur en cas d’absences autorisées de ses salariés
  • le calcul des rémunérations prises en compte dans le salaire rétabli

Nos experts vous informent des dispositions réglementaires liées à la gestion de ces indemnités et des points d’attention à observer.

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Mis à jour le : 14 novembre 2025
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Le calcul du délai de carence

Les indemnités journalières sont versées après un délai de carence de 3 jours. Les points d’attention se situent en cas d’arrêt de travail au cours d’une journée partiellement travaillée et en cas d’arrêts de travail successifs avec une interruption entre les arrêts.

Il convient d‘établir la journée au cours de laquelle le salarié a interrompu son travail dès lors qu’il a été payé partiellement ou totalement

Autrement dit, un salarié a débuté son travail à 8 heures et il doit l’interrompre à 9 heures. Dès lors que la journée de travail a débuté et qu’elle sera payée partiellement (1 heure en l’espèce), le délai de carence débutera le jour qui suit.

La vérification du calcul du délai de carence en cas d’arrêts de travail successifs mais interrompus est en outre à effectuer.

Le décompte maximal des jours indemnisés

L’indemnité journalière maladie est servie de telle sorte que sur une période quelconque de 3 années consécutives, le salarié perçoive au maximum 360 jours d’indemnités journalières.

Il est donc important de disposer d’un suivi des arrêts de travail sur cette période pour connaitre le nombre de jours indemnisés permettant de mesurer le seuil, notamment, en présence d’arrêts de travail successifs, interrompus.

Le calcul du salaire rétabli par l’employeur en cas d’absences autorisées de ses salariés

Les indemnités journalières maladie sont déterminées selon la rémunération d’une activité habituelle du salarié, sauf exception.

En cas d’embauche d’un salarié en cours de mois, le salaire rétabli doit être valorisé avec le mois complet. S’il s’agit d’un salarié à temps partiel, le salaire est rétabli à hauteur de la rémunération de son temps de travail.

En cas d’absences autorisées par l’employeur, le salaire est rétabli suivant les dispositions de l’article L.323-8 du code de la sécurité sociale.

Autrement dit, en dehors des situations expressément prévues par le législateur, le salaire n’est pas rétabli.

Le calcul des rémunérations prises en compte dans le salaire rétabli

Seules les rémunérations soumises à cotisations et versées pendant le mois en cause doivent être prises en compte pour déterminer le salaire rétabli (prime 13ème mois, primes d’objectif, heures supplémentaires par exemple).

Ne sont pas pris en compte dans le calcul de la période d’absence, les avantages en nature liés à la présence effective du salarié sur son lieu de travail (prime de panier, prime de salissure).

Autrement dit, il est important de connaitre les sources des éléments variables pour intégrer ou non les dits éléments dans le calcul des indemnités journalières.

Les risques

Au-delà des indemnités journalières de sécurité sociale erronées, les erreurs constatées peuvent engendrer un calcul erroné des allocations complémentaires servies par l’employeur ou les régimes de prévoyance, et une dégradation du climat social au regard des régularisations de salaires correspondantes.

Diverses solutions peuvent cependant permettre de limiter les erreurs :

  • Une vérification (par échantillonnage) de la DSN évènementielle, des rémunérations déclarées
  • Une correction de vos paramétrages de rubrique
  • Une assistance aux calculs des Indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) servies
  • Une vérification des indemnités journalières complémentaires
  • Une assistance dans vos procédures/méthodes de suivi des indemnités et des arrêts de travail

Pour sécuriser le traitement de ces données, nous vous proposons :

  • Des sessions de formation dédiées à ce sujet :

– le salaire rétabli et les IJSS : découvrir le programme
– Sessions inter et intra-entreprises : nous consulter

  • La mise en œuvre d’un diagnostic de vos pratiques sur ces thématiques

N’hésitez pas à consulter votre contact habituel Baker Tilly ou à adresser votre demande par mail : formation@bakertilly.fr ou à nos experts-formateurs :

Liliane Coutantin
Expert-Comptable – Directrice Opérationnelle Pôle Expertise RH & Sociale
l.coutantin@bakertilly.fr

 

 

Frédérique Lourie
Manager Expertise RH & Sociale
f.lourie@bakertilly.fr 

 

 

Géraldine Huchon
Formatrice-ingénierie formation – Chargée de mission Expertise RH et Sociale
g.huchon@bakertilly.fr

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