Facturation électronique : une réforme qui concerne aussi les professionnels de santé

La réforme de la facturation électronique ne s’adresse pas uniquement aux entreprises commerciales. Les professionnels de santé (médecins, paramédicaux, pharmaciens, structures de soins) sont eux aussi concernés, au moins pour leurs factures fournisseurs, et parfois pour certaines prestations réalisées auprès de professionnels.

Mais quels sont précisément les flux concernés et comment adapter votre organisation sans créer de complexité supplémentaire ? Les experts Santé Baker Tilly vous éclairent.

Qu’est‑ce qu’une facture électronique au sens de la réforme ?

Au sens de la réforme de la facturation électronique, une facture électronique n’est pas un simple PDF envoyé par e-mail. Il s’agit d’une facture émise, transmise et reçue dans un format structuré, afin d’être traitée automatiquement par les logiciels comptables et les plateformes agréées.

Elle contient des données normalisées (fournisseur, client, montant, TVA, date, numéro de facture) qui permettent son contrôle et sa transmission à l’administration fiscale.

Comment la réforme de la facturation électronique s’organise-t-elle ?

Calendrier de mise en œuvre

La réforme s’articule autour de deux échéances :

1er septembre 2026

• Obligation de réception pour toutes les entreprises, y compris les micro‑entreprises
• Obligation d’émission pour les grandes entreprises et ETI

1er septembre 2027

• Obligation d’émission généralisée aux TPE, PME et micro‑entreprises et repose sur deux mécanismes complémentaires :
  • l’e‑invoicing : transmission des factures entre professionnels via une plateforme agréée.
  • l’e‑reporting : transmission à l’administration de données sur les opérations hors champ du e‑invoicing (B2C, international…).

Nouvelles mentions obligatoires

Les factures électroniques devront intégrer quatre informations supplémentaires, notamment :

• le numéro SIREN du client ;
• la catégorie de l’opération ;
• la mention de l’option pour la TVA sur les débits, le cas échéant ;
• l’adresse de livraison, si elle diffère de l’adresse du client.

La réforme impose donc une évolution non seulement documentaire, mais aussi organisationnelle, technologique et comptable.

Les professionnels de santé sont‑ils concernés par la facturation électronique?

Oui, mais pas pour tous leurs flux. L’impact dépend de la nature de l’activité et des opérations réalisées.

1. Les actes de soins exonérés de TVA : hors champ de la réforme

Les prestations médicales et paramédicales exonérées de TVA (articles 261 à 261 E du CGI) ne sont pas concernées par la facturation électronique. Cela inclut notamment les actes des :

• médecins, infirmiers, kinésithérapeutes, sages-femmes ;
• ostéopathes, psychologues ;
• pharmaciens pour leurs actes de santé.

Les modalités actuelles (télétransmission, FSE, facturation patient) restent inchangées.

2. Les factures fournisseurs : totalement concernées

Même si les actes de soins sont hors champ, le professionnel de santé reste un acheteur professionnel. À ce titre, il devra recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs dès septembre 2026.

Cela concerne par exemple les :

• loyers et charges du cabinet ;
• achats de matériel médical ;
• prestations informatiques ;
• sous‑traitance, honoraires, maintenance ;
• fournitures, services administratifs, etc.

3. Les prestations non médicales : potentiellement dans le champ

Un professionnel de santé peut être concerné par l’émission de factures électroniques dès lors qu’il réalise des opérations non exonérées, par exemple, des :

• prestations hors nomenclature ;
• missions de conseil ;
• interventions en entreprise ;
• formations ;
• collaborations ou remplacements facturés à des professionnels ;
• ventes accessoires.

Dans ces cas, il faut analyser :

• la qualification fiscale de l’opération ;
• le statut du client (professionnel ou particulier), pour déterminer si l’obligation relève du e‑invoicing ou du e‑reporting.

Comment se préparer dès maintenant à la facturation électronique ?

Une transition réussie repose sur une démarche progressive et structurée.

1. Cartographier ses flux

Identifier :

• les factures fournisseurs ;
• les prestations réalisées auprès de professionnels ;
• les remplacements et collaborations ;
• les ventes ou prestations annexes.

afin de distinguer ce qui relève ou non de la réforme.

2. Vérifier la compatibilité de son logiciel métier

De nombreux éditeurs intègrent déjà des modules « facturation électronique ». Votre expert‑comptable Baker Tilly peut vous aider à valider la conformité et les paramétrages nécessaires.

3. Choisir une plateforme agréée

Depuis janvier 2026, une première liste officielle est disponible. Nos équipes peuvent vous orienter vers la solution la plus adaptée à votre organisation.

4. Former l’équipe et tester les flux

Secrétariat, assistant médical, gestionnaire, praticien ; chacun doit comprendre où arrivent les factures, comment les valider, comment les transmettre à la comptabilité et comment les archiver. Des tests en conditions réelles sont recommandés avant l’été 2026.